清朝末年，风云激荡，积弱积贫的王朝，在西方列强坚船利炮的攻击下摇摇欲坠，同时西方的人文思想、科学技术也传入中国。一大批先知先觉的知识分子纷纷寻求强国之道，莆田素有文献名邦之称，才俊叠出，一些忧患意识强烈的先知，痛感任人宰割的缘由是思想的保守，身体的孱弱。于是莆阳贤达谢锡恩、阮国兴、  薛承恩等于1878年以“办书院、兴国学、振中华”的宏心大愿，在城内坊巷租赁“奕世金紫”民房为校舍，取名“培元书院”，寓有“培养一流人才”之意。1890年，美国蒲鲁士偕夫人蒲星氏来莆传教，被培元书院勃勃生机所吸引，斥资悉心经营，并任校长：1898年，光绪推新政，废科举、兴学校，欲以吸收欧美文化之精华，是年11月15日“培元书院”应时改名“西学堂”，此时百废俱举，校内气象焕然一新，负笈求学者，与日俱增，而此可贵之日，遂成为本校创办之纪念日—1899年，美国人高哲理来莆接任校长，在朱紫铺和仓边巷之间辟地数十亩为校址，修校舍，垒球场，建起三层综合楼一座，称映雪楼（钟楼）。映雪楼是当时莆田中西文化合璧的样板。1902年“西学堂”改名“哲理中学”。办学理念独树一帜，  “文学传道，科教兴国”。博大精深的东方文化和欧美的自然科学有机结合，给学校的发展注入活力，办学成效日隆。从1909年起，蒲星氏三次出任校长，呕心沥血经营，在莆居留达56年之久。1927年学校改由华人任校长，首任刘金标。30年代，学校已有蒲星堂、石厝等10多座校舍，校门也从朱紫坊移到仓后程氏祠右，至此校园布局大体形成。学校声誉鹊起。1949年新中国成立，学校也获得新生：1952年学校由人民政府接办，改名“莆田第二中学”。任命杨国华为学校党组织领导人。黄益三任校长。孟津（后任福建省教育厅厅长）、王庆忠、林文藩先后任书记。学校蒸蒸日上，又兴建科学楼、教学楼（东风楼、胜利楼）等，扩大了运动场，分上中下三片，师生人数逐年增加，教学质量不断提高：1956年，定为福建省重点中学—文化大革命开始，学校受到冲击，1969年被迫停办，  经心系教育有识之士多方奔走呼告，70年代初迁址西郊杨梅山重建：1973年黄金溪奉调来校主持重建校园工作：在一片荒坡上师生同心协力，利用劳动课、节假日参与校园建设；勤俭办学，发挥人才资源优势，开办校工厂，师生勤工俭学：几经艰苦奋斗，校园从小到大，从简陋到完备，复苏迅速，后来居上—经十几年重兴复业，校园占地七十二亩，校舍建筑面积达一万四千多平方米，依山而建，错落有至，绿树、红花相映成趣。同旧址相比，新校园地盘更大，风景秀丽，居市区而静谧，是师生教学、学习—、生活的乐园—政府和社会力量的关心和支持是这个时期学校迅速发展的不可忽视的因素：改革开放后，学校的发展日新月异，办学的软硬件更加完备，教育教学质量不断提升—1991-1998年戴明锁、陈金富主持学校工作：1993年得益于上海建平中学整体教育教学改革实验，结合本校实际，在莆田市率先探索实施素质教育，这一时期，校园生活丰富多彩：1994年被评为“省二级达标学校”，1997年11月被评为“省一级达标学校”。1999年以后，校长朱金先、书记涂雨主持学校工作。新班子一上任就以超前的眼光对莆田二中的发展进行科学规划，大刀阔斧进行教育教学的改革，向管理要效益，以管理促发展，短短几年就以优异的办学成绩斐声省内外。特别是大手笔规划二中的发展，仅以一年的时间，2004年2月动工，2005年3月顺利搬迁新校区，二中发展不断壮大，为莆田基础教育可持续发展起到有力的推动作用。